Sonraları Beşiktaş'a transfer olan Ayhan, 1998 - 2001 yılları arasında Beşiktaş formasını giydi. 2001 sonlarında yaşadığı sakatlıklar nedeniyle, son sezonun üç ay gibi büyük bir dönemi kadroya giremedi. Sakatlık yaşadığı ve bir türlü sahalara dönemediği dönemde, takımın başında olan Alman çalıştırıcı Christoph Daum'un, Akman'ın gereksiz olduğunu söylemesi süpriz olarak karşılanmıyordu.

Ayhan tüm çabalarına rağmen Daum'un gözüne giremiyor, bununlada kalmayıp taraftarların gözündede değer kaybediyordu.

Beşiktaş'ın Gaziantepspor'a 3-1 yenildiği maçda, Akman'ın kulübede gülmesine kızan taraftarlar havaalanında Ayhan'ı tartaklıyor, güvenliğin araya girmesiyle olaylar dahada ciddileşmeden önleniyordu. Yaşananların ardından, Ayhan'ın ağzından şu ifadeler dökülüyordu:

	Oynamadığımda bile suçlanan ve saldırılan ben oluyorum, her başarısızlığın ardından öfkenin hedefi benim. Açıkcası sebebini anlayamıyorum.

Yaşananların ardından Beşiktaş'dan ayrılan Ayhan Akman, George Hagi'nin futbolu bırakması, Okan Buruk ve Emre Belezoğlu'nun İnter Milan' a transferinin ardından 2001 senesinde orta saha arayışı içinde olan Galatasaray'a transfer oldu.